Gotovo svaka stranica ima ilustracije - one nam donekle objašnjavaju tematske cjeline, ali i kompliciraju opće shvaćanje.
Prema ilustracijama možemo knjigu podijeliti na 6 sekcija:
Herbalna - svaka stranica ima ilustraciju jedne ili dvije biljke s nekoliko paragrafa teksta. Ovo je klasičan primjer sličan mnogim herbalnim knjigama iz srednjeg vijeka.
Biljke su ilustrirane s svim detaljima - korijen, listovi, stabljike.
Ipak ono što najviše zbunjuje u ovoj sekciju je činjenica da nijedna biljka nije prepoznatljiva !
Astronomska - sadrži brojne dijagrame s zvijezdama, suncima i mjesecima. Mnoge ilustracije u ovom dijelu otkrivaju da se radi o horoskopskim znakovima - dvije ribe, bik, lovac s strijelom.
Biološka - velik broj ilustracija prikazuje žene u bazenima. Bazeni su nadalje povezani složenom mrežom kanala i cijevi - očito je da neke od ovih ilustracija prikazuju ljudske organe. Na pojedinim ilustracijama žene su prikazivane s krunom na glavi.
Kozmološka - velik broj kružnih tajnovitih dijagrama. Neke stranice sadrže dijagrame na "rasklapanje", neki su i do 6 stranica veliki. Dijagrami nalikuju geografskim kartama.
opis slike
astronomski dijagrami
Neke ilustracije prikazuju 9 otoka koji su međusobno povezani s putevima, dvorcima i planinama (najvjerojatnije vulkanima).
Farmaceutska - označene ilustracije odvojenih biljnih dijelova (listovi, korijeni itd). Objekti koji izgledaju kao apotekarske posude. Ilustracije su popraćene s malo teksta.
Nepoznata - zadnja sekcija sadrži samo tekst i nemoguće je znati o kojoj je tematici posvećena.
Povijest i putovanje rukopisa
Lociranje rukopisa kroz povijest je težak zadatak, ponajviše zbog vremenskih "rupa" u kojima neznamo tko je bio njegov vlasnik.
Prema načinu crtanja ilustracija, prije svega ilustracija ljudi i dvoraca, sa sigurnošću možemo tvrditi da je rukopis nastao negdje u srednjovjekovnoj Europi.
Preko Praga do Rima
Prvi potvrđeni vlasnik rukopisa s početka 17-og stoljeća bio je tajanstveni alkemičar Georg Baresch.
Prema pisanim podacima znamo kako je i sam Baresch bio zbunjen oko sadržaja rukopisa. Saznavši za znamenitog kriptologa Athanasius Kirchera, poslao mu je kopiju rukopisa.
Athanasius Kircher bio je jezuitski naučenjak iz Collegio Romano sveučilišta (pontifikalno sveučilište u Rimu). Iza sebe je imao već velike uspjehe u dešifriranju i kriptologiji - uspješno je preveo Coptic jezik (etiopsko pismo) i egipatske hieroglife.
Pismo koje je Baresch uputio Kircheru 1639. prvi je sačuvani dokument u kojem se spominje misteriozni rukopis.
Kircher se jako zainteresirao za tajnoviti rukopis i od Barescha je zatražio original. Ipak ovaj mu ga nije htio dati i tek nakon smrti, rektor praškog sveučilišta Johannes Marcus šalje rukopis Kircheru u Rim (1666).
Ovo je ujedno i zadnji put da se rukopis spominje u idućih 200 godina.
200 godina tišine i ponovna aktualnost
Tek 1870. nakon što trupe Victora Emmanuela II aneksiraju papinske države u Italiju, možemo nastaviti proučavati povijest Voynićevog rukopisa.
Nakon propasti papinske države jezuiti brzo i potajno prebacuju knjige iz Collegia Romana u privatne biblioteke - kako bi ih spasili od konfiskacije.
Pod okriljem noći knjige su prebacivane u Villu Mondragone - veliku seosku palaču izvan Rima (zemljište kupljeno od strane Jezuita 1866.), među knjigama našao je spas i misteriozni Voynićev rukopis.
1912. Collegio Romano diskretno je prodao nekoliko knjiga, očito u nestašici novca. Wilfrid Voynich kupio je 30-ak rukopisa, među njima i rukopis koji će nositi njegovo ime.
Nakon Wilfridove smrti 1930. njegova udovica Ethel Lilian Voynich (poznata autorica i kćer poznatog matematičara Georga Boole-a) nasljeđuje rukopis.
1960 umire i Ethel, a rukopis dobiva njena prijateljica Anne Nill koje ga već iduće godine prodaje prodavaču antiknih knjiga Hansu P. Krausu. Pošto Kraus nije uspio naći kupca, 1969. donira rukopis sveučilištu Yale.